第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束。。猪猪侠接到新任务，就是在神秘而美丽的南海搜集寻找各种海洋生物，调查并记录它们的生存环境和独特行为。为了保护海洋生态环境、记录大开眼界的见闻，猪猪侠与伙伴阿五、聪聪组成探险小队，不但要面对海底世界的种种困难，还要与一个叫坏坏博士的竞争者斗智斗勇。。
